Для возмещения расходов, которые связаны с погашением инвестиционных паев, правила доверительного управления паевым инвестиционным фондом предусматривают надбавки к расчетной стоимости инвестиционного пая по операции его выдачи и скидки от расчетной стоимости при погашении инвестиционного пая. При покупке паев надбавка (если она имеет место быть) фактически уменьшает количество паев, которые записываются на инвестора в реестр. Скидка же в свою очередь уменьшает сумму средств, которая выдается пайщику при погашении пая. Такие расходы относятся к прямым расходам пайщика. Максимальный размер, допустимый для надбавки составляет 1,5 процента от расчетной стоимости инвестиционного пая. В случае со скидкой этот размер составляет не более 3 процентов расчетной стоимости инвестиционного пая.

Различные расходы, связанные с управлением и организацией работы инвестиционного фонда, например, такие как вознаграждения управляющей компании, специализированного регистратора, специализированного депозитария, аудитора и оценщика и прочие расходы выплачиваются за счет имущества, которое составляет паевой инвестиционный фонд. Общая сумма этих расходов не может превышать 10-ти процентов среднегодовой СЧА (стоимость чистых активов) фонда. По факту это тоже расходы пайщиков, но учтенные уже в расчетной стоимости паев, по которой они продаются и приобретаются.

От полученного дохода в ПИФе каждый инвестор оплачивает налог. Доход возникает исключительно в момент продажи пая инвестором. До того момента, пока инвестор не реализует свой пай, он освобожден от налога. Ч физических лиц взимается подоходный налог, который отличается для резидентов (13%) и нерезидентов (30%) Российской Федерации.

Управляющая компания выступает в роли налогового агента, который начисляет и взимает с пайщиков налоги в момент продажи пая. Затем управляющая компания перечисляет собранные налоги в бюджет. Налогооблагаемой базой для начисления налога является разница между суммой продажи паев и суммой их предшествующего приобретения.

Существует так называемый налоговый вычет, которым могут воспользоваться пайщики-физлица при определении размера налоговой базы. Для того чтоб воспользоваться правом на налоговый вычет, инвестор должен подать заявление в управляющую компанию на предоставление соответствующего вычета.