Управляющая компания имеет возможность осуществлять не только управление паевыми фондами, а также совмещать этот вид деятельности с другими. Например, такими как управление пенсионными резервами негосударственных пенсионных фондов, доверительное управление ценными бумагами и управление страховыми резервами страховых компаний.

Для страхования средств инвесторов от злоупотреблений управляющей компании существует разделение хранения средств от управления. Для хранения средств инвесторов используются специализированные компании – депозитарии. Функция этих компаний заключается не только в хранении средств пайщиков, но и в контроле законности обращения с этими средствами. Это принцип обособленности имущества, которое составляет паевой инвестиционный фонд, от имущества управляющей компании.

Для расчетных операций, которые связаны с доверительным управлением фондом, открывается специальный банковский счет или счета. А учет прав на ценные бумаги, которые составляют паевой инвестиционный фонд, осуществляется на депо счету в специализированном депозитарии. Организации, ведущие учет прав на ценные бумаги паевого инвестиционного фонда и хранящие их, называются специализированными депозитариями. Такие компании не могут пользоваться или распоряжаться имуществом паевого инвестиционного фонда. Они осуществляют контроль управляющей компании в отношении соблюдения ею правил доверительного управления паевым инвестиционным фондом и нормативных правовых актов. Обязанностью специализированных депозитариев является отслеживание средств инвесторов, направляемых управляющей компанией, для соблюдения определенных требований к структуре и составу активов паевого инвестиционного фонда, определенных его инвестиционной декларацией.

В случае, когда управляющая компания дает какие-либо распоряжения специализированному депозитарию, которые противоречат законодательству, специализированный депозитарий не имеет права исполнять подобные поручения. Специализированные депозитарии действуют исключительно в интересах инвесторов.

В функции депозитария входит уведомление Федеральной комиссии по рынку ценных бумаг, когда в ходе контроля деятельности управляющей компании выявляются соответствующие нарушения. Также функцией специализированного депозитария является ведение реестра владельцев-инвесторов паевого инвестиционного фонда, то есть ведение отчетности покупки и продажи паев. В некоторых ситуациях, согласно правил конкретных фондов, эту функцию выполняет специализированный регистратор.